Les Infections respiratoires constituent des causes fréquentes et graves d'admission en unité de réanimation le plus souvent associées à des complications majeures - détresse respiratoire aiguë, prolongation de la ventilation mécanique, surmortalité et séquelles fonctionnelles- rendant le diagnostic et le traitement précoces essentiels pour réduire la morbidité et la mortalité [1] la clinique est peu spécifique (fièvre, hypoxémie, infiltrats radiologiques) et ne permet pas d’identifier l’agent causal surtout dans un contexte de polytraumatismes et d’intubation prolongée. Le diagnostic repose sur des prélèvements respiratoires adaptés (expectorations de qualité, aspiration trachéale, brossage distal protégé, LBA) et leur analyse : examen direct/Gram, culture quantitative, et méthodes moléculaires (PCR multiplex) [2] complétées si besoin par l’étude des biomarqueurs (PCT, CRP).

Les méthodes microbiologiques conventionnelles présentent parfois une sensibilité et une spécificité limitées, tandis que la culture nécessite plusieurs jours avant de fournir une identification précise et un antibiogramme exploitable. Face au risque lié à tout retard diagnostique ou thérapeutique, les patients sont fréquemment hospitalisés et placés sous antibiothérapie probabiliste en attendant les résultats des prélèvements respiratoires [4].

Dans ce contexte, le recours à la PCR multiplex s’inscrit comme une approche diagnostique de nouvelle génération permettant une détection rapide et simultanée des agents pathogènes viraux et bactériens [5]. Cette technique améliore le rendement diagnostique en augmentant le taux d’identification microbiologique tout en réduisant considérablement les délais d’obtention des résultats. Les diagnostics rapides offrent ainsi un potentiel majeur d’optimisation des soins, favorisant une meilleure adaptation de l’antibiothérapie, une réduction des hospitalisations inutiles et une diminution des coûts de prise en charge  [3] Malgré ses atouts, la PCR multiplex comporte des limites nécessitant une interprétation prudente : la détection d’un micro-organisme ne signifie pas toujours infection active, un gène de résistance n’implique pas forcément une expression phénotypique, et les résultats peuvent être influencés par les conditions pré-analytiques. Une corrélation clinico-biologique reste donc essentielle.

L’objectif de notre étude est de déterminer en contexte réel de réanimation l’intérêt clinique de la PCR BIOFIRE® FILMARRAY® Pneumonia plus (PNplus) pour identifier rapidement les agents respiratoires et optimiser la stratégie thérapeutique au sein du service de réanimation A1 du CHU Hassan II de Fès a fin de garantir une prise en charge rapide et adéquate.

Matériels et Méthode

Il s'agit d'une étude à caractère prospectif, à la fois descriptive et analytique, menée au sein du service de Réanimation A1 de Fès et du service de laboratoire de microbiologie au CHU HASSAN II de Fès, portant sur 68 échantillons prélevés chez des patients hospitalisés dans le service de réanimation S'étend sur 18 mois de Mars 2022 à Septembre 2023.Tous les patients inclus dans cette étude ont bénéficié parallèlement à la PCR multiplex et d’une étude cytobactériologique selon les techniques conventionnelles.

Avant la réalisation de la PCR, une vérification de la qualité des expectorations est effectuée afin de distinguer un prélèvement salivaire — qui ne doit pas bénéficier de l’analyse — d’un véritable crachat conforme aux critères de validité selon la classification Bartlett- Murray et Washington[22](Tableau1). Cette étape pré-analytique est essentielle dans ce contexte, compte tenu du risque élevé de portage lié au caractère non stérile des prélèvements respiratoires et du fait que la PCR ne permet pas, à elle seule, de différencier colonisation et infection active.

Tableau 1 : Critères de qualité d’un prélèvement de crachats [22]

Cette technique a été réalisée conformément aux instructions du fabricant, avec un temps de manipulation de ∼5 min. Un échantillon de 200 μL est collecté et mélangé avec un tampon d’échantillon, puis injecté avec une solution d’hydratation dans la poche de réactif Pneumonia plus Panel, qui est ensuite insérée dans l’instrument FilmArray.

La PCR multiplexe consiste en une extraction, une purification, une amplification, une détection et une analyse entièrement automatisées des acides nucléiques au sein de la cartouche FilmArray® Pneumonia Plus  chaque cible est rendue « détectée »/« non détectée » et les gènes de résistance pertinents sont simultanément recherchés. Ce panel permet de détecter simultanément 31 agents pathogènes connus pour être responsable d’infections respiratoires (figure1) :

*Bactéries (semi-quantitatives) Complexe Acinetobacter calcoaceticus-baumannii -Complexe Enterobacter cloacae-Escherichia coli-Haemophilus influenzae-Klebsiella aerogenes-Klebsiella oxytoca-Groupe Klebsiella pneumoniae-Moraxella catarrhalis-Protée spp.-Pseudomonas aeruginosa-Serratia marcescens-Staphylococcus aureus-Streptococcus agalactiae-Streptococcus pneumoniae-Streptococcus pyogenes

*Bactéries atypiques (qualitatives) : Chlamydia pneumoniae-Legionella pneumophila-Mycoplasma pneumoniae

*Virus : Adénovirus-Corona virus-métapneumovirus humain-Rhinovirus/entérovirus humain-virus de la grippe A-virus de la grippe B-Virus parainfluenza-Virus respiratoire syncytial

*GENES DE RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES : Résistance à la méticilline mecA/C et MREJ - Carbapénèmases IMP/ KPC /NDM /OXA-48-LIKE /VIM - BLSE CTX-M

Figure1 : Virus et bactéries identifiables par le PCR multiplex type FILMARRAY® Pneumonia plus[23].

Résultats

Durant cette période, 68 prélèvements respiratoires (PDP et crachats) ont été analysé par PCR, dont 44 ont sont revenus positifs avec un taux de positivité de 64,7%. L’âge des patients inclus variait entre 7 et 81 ans soit une médiane d’âge de 45.63 ans. La tranche d’âge la plus représentée se situait entre 35 et 64 ans. Sur les 68 patients : 39 de sexe masculin (57,35%) - 29 de sexe féminin (42,65%). Le sexe ratio H/F était de 1,34.

La pathologie médicale [EME, détresse respiratoire, exacerbation de BPCO, pneumonie grave, crise myasthénique, DAC, méningomyélite et médiastinite] représente le premier motif d’hospitalisation (50%) suivie de la pathologie traumatique (33,82%) [Traumatisme crânien grave, polytraumatisme, traumatisme thoracique grave] et chirurgicale (16,17%) [Hémorragie méningée, post opératoire tumeur cérébrale].

Dans notre série, la présentation clinique variait selon le type d’infection (Tableau 2) :

• PAVM : le signe le plus fréquent était le virage des sécrétions, suivi d’une désadaptation au respirateur.
• Pneumonies nosocomiales : tableau dominé par une toux avec expectoration purulente, puis une dyspnée.

Concernant les signes généraux une fièvre > 38,5 °C était présente chez la quasi-totalité des patients. Parmi les 68 prélèvements respiratoires réalisés, on note la présence de 47 prélèvements distale protégés, contre 21 prélèvements de crachats. Imagerie thoracique : Une radiographie thoracique a été réalisée chez 75 % des patients : elle était normale dans 22 % des cas et pathologique dans 78 % (atélectasies, opacités). Une TDM thoracique a été effectuée chez 21 % des patients revenue pathologique. Dans cette série 72% des patients avaient une augmentation de la CRP, et une hyperleucocytose à prédominance neutrophile. Concernant l’Antibiothérapie probabiliste. Parmi les patients prélevés, 79,4 % ont reçu une antibiothérapie empirique. Le schéma le plus prescrit était l’amoxicilline–acide clavulanique (16,17 %), suivi de l’association amoxicilline–acide clavulanique + gentamicine (13,23 %). Des associations moins fréquentes ont été utilisées selon l’orientation clinico-biologique de chaque patient.

Tableau 2 : Répartition des germes détectés par PCRm selon le type d’infection.

Par ailleurs, l’Acinetobacter Baumannii était l’agent pathogène le plus détecté(n=22) suivi par l’Haemophilus Influenzae (n=15) par PCRm. Au sein de ces infections respiratoires documentées (n=44), une étiologie bactérienne a été retrouvée chez 95,5% des patients soit en mono ou en coïnfection. Une étiologie virale a été retrouvée chez 4,5 % des patients

Proportion des agents identifiés (mono- vs co-infections) : Parmi les 44 échantillons positifs, le panel respiratoire FilmArray a identifié 21 mono-infections (48 %) et 23 co-infections (52 %). La co-infection la plus fréquente associait Acinetobacter baumannii et Staphylococcus aureus, suivie de l’association Acinetobacter baumannii–Klebsiella pneumoniae.    

Dans l’ensemble le test a pu détecter 10 gènes de résistance dont 4 gènes de résistance aux carabapenemases (2 OXA-48, 1 NDM et 1 VIM), 2 MecA ainsi que 4 CTX-M étant le gène le plus détecté

Le taux de positivité de la culture dans cette étude était de 50 %, avec la détection de 51 bactéries. Parmis ces 51 bactéries 84,4 % était des Gram négatif (43% Acinetobacter Baumannii, 19% enterobactéries, 12,7% Pseudomonas aeruginosa, 9,7 % Haemophilus Influenzae) et 15,6 % était des Gram positif (Staphyloccocus Aureus).

Tous les isolats de l’Acinetobacter Baumannii ont gardé une sensibilité à la colistine uniquement. EN ce qui concerne les entérobactéries, 4 germes de BLSE ont été détecté. Tous les isolats du Staphylocoque Aureus étaient résistants à la Péni G et tous sensibles à l’amikacine et à la vancomycine. 25 % des staphylococcus Aureus était résistant à la Céfoxime, soit 2 cas SARM ont été détecté.

LA prise en charge thérapeutique : Chez les patients prélevés, 79,4 % ont reçu une antibiothérapie probabiliste. Après la documentation des infections grâce à la PCR, le traitement a été adapté en fonction de l’agent pathogène détecté (bactérien, viral), et en prenant en considération l’évolution clinique et paraclinique du patient.

Tableau 3: Adaptation de l’antibiothérapie après résultat de la PCRm